クリスタルの力によって人々は満たされ各国は繁栄を続けていた。
しかし、闇が光を蝕むようにその平和は偽りのものと断罪される。
ラピスが滅亡への時を刻むとき、2人の騎士がビジョンと共に闇へと立ち向かう。

これは新たなクリスタルの物語 ――

グランシェルト王国の騎士「レイン」と「ラスウェル」は
記憶喪失の少女「フィーナ」から頼まれ、土のクリスタルを守る為に戦うが
「常闇のヴェリアス」の圧倒的な力に敗れ、クリスタルを破壊されてしまう。

だがレインとラスウェルは立ち上がり、他国に残るクリスタルを守る為
フィーナと共に旅立つ。そして集う仲間たち。
飛空艇技師「リド」、水の軍師「ニコル」、レジスタンスのリーダー「ジェイク」、
700歳の大賢者「サクラ」。

やがてレイン達は「魔人フィーナ」と出会い、
グランシェルトの英雄にしてレインの父「レーゲン」の真実にたどり着く。

常闇、天風、水華、劫火、王土、光輝。
クリスタルを破壊せんとする六人のヴェリアス。
レイン達は彼らに打ち勝ち、クリスタルを守ることができるのか。
『俺は何一つ見捨てることなんてできない。グランシェルトの騎士として！』

これは、クリスタルがいつかと今を繋ぎ映す「勇気の物語」